咸丰六年（1856），克里米亚战争结束，英、法、美三国第二次提出扩大侵华利益的“修约”要求，再次遭到清政府的拒绝。于是，英、法等国寻找借口，借机挑起战争。同年九月初十日，广东水师在停泊于黄埔港的一艘中国商船亚罗号上，逮捕了两名中国海盗和十名有海盗嫌疑的水手。但英国公使包令派英驻广州代理领事巴夏礼致函两广总督叶名琛，要求广州当局释放人犯，并捏造被捕者曾扯落英国国旗一事，要求为此向英方赔礼道歉。当时船上并未悬挂英国国旗，叶名琛据实复函说明情况。但包令和巴夏礼蓄意制造事端，于九月二十三日向叶名琛发出最后通牒。叶名琛最后屈服于英方压力，向英方妥协退让，将获犯送交巴夏礼。英方本意原在挑衅，因而拒绝接受人犯，英舰即于二十五日悍然开进广州内河，点燃了第二次鸦片战争的战火。

英法挑起第二次鸦片战争

咸丰六年（1856），英国以亚罗号事件为借口，于九月二十五日进攻广州，挑起第二次鸦片战争。咸丰七年（1857），法国以马神甫事件为借口，与英国组成英法联军。联军以额尔金和葛罗为英、法全权代表，各率海陆军到达香港。十一月十四日，英法联军攻陷广州，叶名琛被俘，后解往印度，死于加尔各答囚所。咸丰八年（1858）四月，英法联军集兵舰于白河口外，对清政府进行讹诈，俄、美公使则充当调停人从中要挟。四月八日，英法联军攻陷大沽炮台，扬言进犯北京。清政府赶紧派大学士桂良、吏部尚书花沙纳前往议和，五月先后与四国签订了《天津条约》。同时俄国还迫使黑龙江将军奕山签订了《瑷珲条约》。

火烧圆明园

咸丰十年（1860）七月，英法联军1万多名在北塘登陆。塘沽、大沽炮台相继失陷。天津因无险可守，也很快陷落。清政府急派大学士桂良等人与敌议和。因侵略者所提条件过高，谈判破裂。八月，英法联军逼近通州，在八里桥一带展开激战。清军英勇阻击，鏖战三四小时后溃败。英法联军进至北京城下。英法侵略军到了北京城外，首先绕道到西北郊的圆明园，抢夺园内的金银财宝，并劫掠所有能搬得动的珍贵文物。其后，英使额尔金下令焚毁圆明园。八月二十二日至二十五日，英法联军火烧圆明三园。这个经过清100多年营建、凝聚了中国人民血汗、综合中西建筑艺术、聚集古今艺术品而成的壮丽宫殿和皇家园林，顿成废墟。

《北京条约》签订

咸丰九年（1859）五月，英、法、美公使拼凑联合舰队北上，武装换约。清政府因大沽设防，指定三国由北塘登陆，去京换约。英法公使蓄意挑衅，坚持从大沽登陆，并向大沽炮台发炮。清军在僧格林沁指挥下奋勇还击，英法舰队狼狈撤退。咸丰十年（1860），英法联军以更大兵力再次入侵。七月五日，大沽炮台失陷。七月八日，敌兵占领天津。接着，侵略军将矛头指向北京。八月八日，咸丰帝仓皇逃往热河。侵略军进入北京，八月二十二日至二十五日焚毁圆明园。恭亲王奕与英、法分别签订了中英、中法《北京条约》。事后俄使自称“调停有功”，迫使奕又与俄签订了中俄《北京条约》。第二次鸦片战争使中国遭受巨大损失：英占九龙司地方一区；沙俄割去乌苏里江以东约40余万平方千米土地；公使进驻北京，加强了侵略者对清政府的影响和控制；增加口岸、内地游历通商、海关雇佣外国人、子口半税、内地传教、鸦片贸易合法化和准许华工出国等款，使外国侵略势力由沿海扩展到内地，中国的独立主权又一次受到严重损害。清朝统治阶级在侵略者打拉结合下，终于走向与外强勾结、共同镇压太平天国的道路。

同治帝即位

咸丰十一年（1861）七月，咸丰帝病死于热河避暑山庄，其子爱新觉罗·载淳即位。咸丰十年（1860）八月，英法侵略军逼至通州，协办大学士兼步军统领肃顺，与满族贵族怡亲王载垣、郑亲王端华，共同劝咸丰帝逃往热河，以避其锋。咸丰帝体弱多病，当出逃至泺阳时就病倒了，但坚持到了承德行宫。咸丰帝出逃时命恭亲王奕为钦差大臣，与英法联军议和。《北京条约》签定后，联军自北京撤退到天津回国。奕等留京大臣请咸丰帝回北京，以安人心。但咸丰帝怕英法联军再回来，于是决定当年暂不回京。咸丰十一年（1861）正月，咸丰帝又病了，回銮的事也就一拖再拖。七月十六日咸丰帝病重，次日召见御前诸臣，立皇长子载淳为皇太子，命载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛赞襄政务，称为“赞襄政务王大臣”。咸丰帝即病逝于行宫，年31岁。载淳即位，改明年为祺祥元年，十月，又改明年为同治元年。